Miljøministeriet er selv ejer af Krogerup Avlsgaard, der i årevis fik ulovlige dispensationer til brug af vand med et for højt indhold af fluourid til brug for økologisk fødevareproduktion, men fra Miljøstyrelsen fralægger man sig ansvaret for de ulovlige dispensationer og henviser til, at det ifølge drikkekvandsbekendtgørelsen er kommunalbestyrelsen, der har kompetencen til at træffe beslutninger om at give dispensation.
Krogerup Avlsgård ejes af Miljøministeriet og det er Naturstyrelsen, der administrerer ejerskabet, og i et svar til Maskinbladet bedyrer Funktionsleder for Vandforsyning i Miljøstyrelsen, Hans Peter Birk Hansen, at Miljøstyrelsen ikke kan svare på spørgsmål omkring ejerskabet og de foranstaltninger ejer har foretaget på ejendommen, der er ejet af funktionslederens arbejdsgiver, Miljøministeriet.