En protokol bliver i ordbogen "The Oxford English Dictionary" beskrevet som "en etableret kode, procedure eller adfærd i enhver gruppe, organisation eller situation".
Betydningen af en protokol er, at når en enkelt ikke gør som aftalt, vil det få en betydelig effekt. Eksempelvis vil det i en situation som malkning være vigtigt at holde sig til protokollen - ellers kan det få betydelig indvirkning på mastitistilfælde, mælkekvalitet og produktionen i det hele taget. Forskning har dokumenteret en stigning mælkeydelse på fem procent, når en standardiseret malkerutine blev anvendt i forhold til en skiftende malkerutine.