Fiberdelen fra separeret gylle er oplagt at recirkulere som strøelse i kvægstalde, men bakterier i fibrene kan være en udfordring, og det findes der forskellige bud på at løse. Ifølge Teknologisk Institut er brugen af gyllefibre oftest uproblematisk, men der ses i nogle besætninger problemer med bakterier som Klabsiella, E-coli og streptokokker.
Det er særligt i periode med varmt vejr, at der kan opstå udfordringer med bakterier.