Nye landvindinger med Crispr

Med nyudvikling af Crispr-Copies forbedrer forskerne på Center for Advanced Bioenergy and Bioproducts Innovation (CABBI) alsidighed og brugervenlighed i brug af Crispr.

Teknikken gør det muligt hurtigt at finde, hvor kromosomerne i enhver organisme kan integreres med genteknologi.

Til afgrødeforædling kan værktøjet bruges til at øge udbyttet af biomasse, modstandsdygtighed over for skadedyr og/eller miljømæssig modstandsdygtighed.

Men at finde de optimale integrationssteder i genomet til disse redigeringer har været et kritisk og stort set uløst problem.

For at løse denne udfordring har CABBI-teamet udviklet Crispr-Copies, en COmputational Pipelinefor the Identificationof CRISPR/Cas-facilitated intEgration Sites.

Dette værktøj kan identificere neutrale integrationssteder i hele genomet for de fleste bakterie- og svampe-genomer inden for to til tre minutter.

- At finde integrationsstedet i genomet manuelt er som at lede efter en nål i en høstak. Med Crispr-Copies forvandler vi høstakken til et søgbart rum, der giver forskerne mulighed for effektivt at finde alle de nåle, der passer til deres specifikke kriterier, siger Aashutosh Boob, en ChBE-ph.d.-studerende ved University of Illinois og hovedforfatter til undersøgelsen.