I EU anvendes godkendte GMO'er hovedsagligt til at fodre produktionsdyr, men visse importerede fødevarer kan også indeholde dem. Der er indført en mærkningsordning, som forpligter virksomheder til at angive, om de fødevarer eller fodermidler, som de fremstiller, indeholder GMO'er.
GMO'er skal udgøre mindst 0,9 procent af fødevaren eller fodermidlet, før de skal deklareres. Ligeledes kan virksomhederne anføre på etiketten, at deres produkt ikke indeholder en eller flere GMO'er.