Problemer som følge af spildkartofler er mange. For det første taber man udbytte, man laver falsk sædskifte og risikerer at opformere problemsygdomme og nematoder.
Afledt deraf, får man ringere jord til kartoflerne næste gang, og udbyttepotentialet bliver mindre. Desuden kan spildkartoflerne være en gene i de efterfølgende afgrøder i form af ukrudt, og det kan være arnested for især virus og skimmel, der spreder sig ind i ens øvrige kartoffelmarker.